YASARA：別途用意したアラインメント結果を使ってホモロジーモデリングを実行する

 YASARAでは、自身で作成したアラインメントファイルを指定してホモロジーモデリングを実行することができます。
具体的な操作方法を説明していきます。

 1. ファイルの準備 

以下のファイルを用意し、作業ディレクトリに保存します。
「〇〇〇」と記載してある部分には、共通する任意の文字を使用します。
この時、ファイル名に細かい指定があるので、必ず（）内の通りに指定してください。

1. ターゲット配列（〇〇〇.fasta）
   ホモロジーモデリングを行う配列
   
   
2. テンプレートファイル（〇〇〇_t001.pdbまたは.yob）
   ホモロジーモデリングの鋳型として使用する立体構造
   テンプレート構造が複数ある場合は、ファイル名の末尾を002, 003...と増やしていきます。
   
   
3. アラインメントファイル（〇〇〇_align.fasta ）
   fasta形式のアラインメントファイルを用意します。
   １段目にターゲット配列、２段目にテンプレート配列を記載します。
   この時、テンプレート配列名は、2. で用意したテンプレートファイル名の末尾に合わせて「T001」としてください。
   なお、ターゲット配列名の指定は特にありません。
   また、ヘテロオリゴマーの場合は「｜」で区切ってください。
   
   
   
   
   
4. マクロファイル（デフォルトのパラメータを変更する場合）
   各種パラメータをデフォルト設定から変更して実行する場合は、マクロファイルを書き換える必要があります。
   標準のマクロファイルは、PC中のYASARA > yasara > mcr に保存されています。
   hm_build.mcr と hm_buildfast.mcr（短時間版）がホモロジーモデリングのマクロファイルです。
   作業ディレクトリにコピー＆ペーストし、メモ帳などのテキストエディタで編集します。
   必要に応じて各種パラメータを書き換え、上書き保存してください。