ChromasProでは、ClustalWをインストールすることでマルチプルアラインメントを行うことができます。
今回は例として、ヒト、マウス、ウシのアデノシンデアミナーゼという酵素のアミノ酸配列を使ってアラインメントを行います。
マルチプルアラインメントの実行方法
1. ChromasProでマルチプルアラインメントを行うには、別途ClustalWのインストールが必要です。ダウンロードは下記から可能です。
http://www.clustal.org/download/current/clustalw-2.1-win.msi
2. ClustalWのインストールが完了したら、ChromasProでアラインメントに使用する配列を開きます。
3. Analysis > ClustalW
Multiple Alignment をクリックします。
4. すると、オプションの選択画面が表示されるので、Sequences to Align 欄から配列をクリックして選択します。
Alignment Parameters で細かいパラメーター設定ができますが、今回はデフォルトで実行します。
Display Options の２項目にチェックを入れておきます。
OK をクリックしてアラインメントを実行します。
5. 色付きのアラインメントエディターと、テキスト表示されたアラインメント結果が表示されました。
＜結果の見方＞
緑色…完全一致 灰色…類似性あり 白…類似性なし、ギャップ
「＊」…完全一致 「：」…強い類似性 「.」…弱い類似性 空白…類似性なし、
ギャップ
色付きで表示されているエディターでは、スペースキーでギャップを挿入するなど、修正を行うことができます。また、Edit > Create Diagram をクリックすると整列図が作成され、他のアプリにこの結果をコピペできます。
補足
マルチプルアラインメントとありますが、２つの配列を使用してアラインメントを実行すると、結果に「Identity」と「Similarity」の数値が追加で表示されます。
