バイオケミカルTips:RCSB PDB用語集「タンパク質機能ビュー(Protein Feature View)」

2020年10月6日火曜日

【バイオケミカルTips】

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 「タンパク質機能ビュー(Protein Feature View)」では、タンパク質のアミノ酸配列と各残基が形成する立体構造上の特性との対応関係が視覚的に示されます。

 「タンパク質機能ビュー」は、各タンパク質立体構造のウェブページの「Sequence」タブから見ることができます。

表示するタンパク質鎖の種類は、図左上から選択できます

画面の左側に、「PDB INSTANCE SEQ [PDB ID]」と「UNIPROT ALGN [UniProtcode]」に続き、二次構造や角度・距離の外観、タンパク質―リガンド結合部位、ジスルフィド架橋といった特長的な立体構造の名前が列挙されています。

図上で、マウスをホイールしてみてください。アミノ酸配列の拡大・縮小が行われると思います。

「PDB INSTANCE SEQ [PDB ID]」の行には、PDBに登録されている対象タンパク質のアミノ酸配列が示されています。

そおすぐ下の「UNIPROT ALGN [UniProtcode]」の行には、UniProtKBに登録されている同じタンパク質のアミノ酸配列が示されており、PDBのデータと同じ配列である部分が薄紫色に着色されています。なお、UniProtKB(UniProt Knowlegebase)とは、タンパク質のアミノ酸配列データが蓄積された巨大データベースです。

以下、各特徴的な立体構造の行では、その立体構造に寄与する配列部分が着色されています。

着色された配列部分にカーソルを合わせてみてください。図の右上にその配列部分の情報が表示されます。

上段に立体構造の種類(下図赤枠)、下段左から現在PDBに登録されている立体構造の名称、根拠となるデータベースの種類、タンパク質鎖におけるアミノ酸配列位置(青枠)、報告された立体構造の名称、根拠となるデータベースの種類、タンパク質鎖におけるアミノ酸配列位置(緑枠)が示されています。





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