YASARA : 今日のコマンド「Oligomerize」

 Oligomerizeコマンドは、選択したオブジェクトの生物学的集合体（オリゴマー）を作成します。

PDFファイルの多くは，単一のモノマーの座標しか記録されておらず，完全な生物学的集合体を作成するために必要となる変換情報をREMARK 350という特別なレコードで指定しています．
REMARK 350レコードには，生体分子を生成するために必要な結晶学的および非結晶学的なすべての変換（回転および並進）が示されています．
以下，REMARK 350の例です．

（PDB: 4MQ5 - REMARK 350 レコードのみ抜粋）

REMARK 350                                                                     
REMARK 350 COORDINATES FOR A COMPLETE MULTIMER REPRESENTING THE KNOWN           
REMARK 350 BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE OF THE                
REMARK 350 MOLECULE CAN BE GENERATED BY APPLYING BIOMT TRANSFORMATIONS          
REMARK 350 GIVEN BELOW.  BOTH NON-CRYSTALLOGRAPHIC AND                          
REMARK 350 CRYSTALLOGRAPHIC OPERATIONS ARE GIVEN.                               
REMARK 350                                                                      
REMARK 350 BIOMOLECULE: 1                                                       
REMARK 350 AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: TETRAMERIC                        
REMARK 350 SOFTWARE DETERMINED QUATERNARY STRUCTURE: TETRAMERIC                 
REMARK 350 SOFTWARE USED: PISA                                                  
REMARK 350 TOTAL BURIED SURFACE AREA: 27880 ANGSTROM**2                         
REMARK 350 SURFACE AREA OF THE COMPLEX: 59660 ANGSTROM**2                       
REMARK 350 CHANGE IN SOLVENT FREE ENERGY: -305.0 KCAL/MOL                       
REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A                                     
REMARK 350   BIOMT1   1  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
REMARK 350   BIOMT2   1  0.000000  1.000000  0.000000        0.00000            
REMARK 350   BIOMT3   1  0.000000  0.000000  1.000000        0.00000            
REMARK 350   BIOMT1   2 -1.000000  0.000000  0.000000      163.25800            
REMARK 350   BIOMT2   2  0.000000 -1.000000  0.000000       95.54000            
REMARK 350   BIOMT3   2  0.000000  0.000000  1.000000        0.00000            
REMARK 350   BIOMT1   3 -1.000000  0.000000  0.000000      163.25800            
REMARK 350   BIOMT2   3  0.000000  1.000000  0.000000        0.00000            
REMARK 350   BIOMT3   3  0.000000  0.000000 -1.000000      275.18000            
REMARK 350   BIOMT1   4  1.000000  0.000000  0.000000        0.00000            
REMARK 350   BIOMT2   4  0.000000 -1.000000  0.000000       95.54000            
REMARK 350   BIOMT3   4  0.000000  0.000000 -1.000000      275.18000

3列目にBIOMT1/2/3とあるセクションに，回転操作（5～7列），並進操作（8列）が記されています．
上の例では，3行毎に1:恒等操作，2:z軸周りに180度回転，3:y軸周りに180度回転，4:x軸周りに180度回転となっており，3つの回転操作では，それぞれ並進操作も行われます．

OligomerizeObj/OligomerizeAllコマンドは，REMARK 350レコードを解析，変換操作を施し，分子が実際に機能する高分子集合体（二量体など）を自動的に作成します．
GUIから操作する場合，Edit > Oligomerize > All または Object　を選択します．

以下，実行例です（PDB:4MQ5，モノマーからテトラマーを作成）．

 注意：生物学的集合体のオリゴマーは，通常，単位セルを満たす結晶化オリゴマーとは異なります．後者はCrystallizeコマンドで作成可能です．