「残基特性プロット(Residue-property plots)」とは、対象タンパク質残基のクオリティを示します。
各タンパク質に立体構造に関するwwPDB検証レポート(wwPDB Validation Reports)から確認することができます。(詳細は前記事【バイオケミカルTips】今日のキーワード「wwPDB検証レポート(wwPDB Validation Reports)」を参照してください。)
「残基特性プロット(Residue-property plots)」は、2つの図から成ります。
①一つ目の図には、対象のタンパク質立体構造を形成する全残基のうち、他の候補が存在する残基の割合が色別に示されています。
緑色:他の候補残基が存在しない残基の割合。
黄色:他の候補残基が1つ存在する残基の割合。
橙色:他の候補残基が2つ存在する残基の割合。
赤色:他の候補残基が3つ以上存在する残基の割合。
灰色:実測データとして存在するが、最終的なモデルに含まれていない残基の割合。
各色帯の下には割合が数値で示されていますが、割合が5 %未満の場合は黒点(・)が打たれています。
②2つ目の図は①の詳細を示す図であり、他の候補を有する残基やそれに隣接する残基、最終モデルに反映されていない残基等、注意すべき残基が示されています。
色分けは①の図と対応しています。また、赤い印の付いた残基は、電子密度との整合性が低い残基を示します。