バイオケミカルTips:RCSB PDB用語集「残基特性プロット(Residue-property plots)」

2020年9月30日水曜日

【バイオケミカルTips】

t f B! P L

「残基特性プロット(Residue-property plots)」とは、対象タンパク質残基のクオリティを示します。

各タンパク質に立体構造に関するwwPDB検証レポート(wwPDB Validation Reports)から確認することができます。(詳細は前記事【バイオケミカルTips】今日のキーワード「wwPDB検証レポート(wwPDB Validation Reports)」を参照してください。)

「残基特性プロット(Residue-property plots)」は、2つの図から成ります。

①一つ目の図には、対象のタンパク質立体構造を形成する全残基のうち、他の候補が存在する残基の割合が色別に示されています。

緑色:他の候補残基が存在しない残基の割合。

黄色:他の候補残基が1つ存在する残基の割合。

橙色:他の候補残基が2つ存在する残基の割合。

赤色:他の候補残基が3つ以上存在する残基の割合。

灰色:実測データとして存在するが、最終的なモデルに含まれていない残基の割合。

各色帯の下には割合が数値で示されていますが、割合が5 %未満の場合は黒点(・)が打たれています。

②2つ目の図は①の詳細を示す図であり、他の候補を有する残基やそれに隣接する残基、最終モデルに反映されていない残基等、注意すべき残基が示されています。
色分けは①の図と対応しています。また、赤い印の付いた残基は、電子密度との整合性が低い残基を示します。


黄、橙、赤、灰色の残基がより少ないデータが理想ではありますが、対象のタンパク質立体構造のどの部分に注意すべきかを明確にしておくことが重要です◎

code-prettify

このブログを検索

ページビューの合計

人気の投稿

QooQ