「3D構造ビュアー(3D Structure Viewers)」では、対象のタンパク質立体構造がグラフィックに表示されます。
各タンパク質立体構造のウェブページの「3D View」タブから見ることができ、画面下部の「Select a different viewer」で、「Mol*Javascript」、「NGL(WebGL)」、「JSmol(JavaScript)」の3つの表示形式から選択することができます。
今回は、「NGL(WebGL)」を見てみましょう。デフォルトで「Mol*Javascript」となっている表示形式を「NGL(WebGL)」に変更してみてください。
「NGL(WebGL)」のデフォルトのグラフィック表示では、ペプチド鎖はリボン形式で、リガンドや水分子はBall & Stick形式で示され、アミノ酸残基や原子の種類などの特徴に応じて色分けがなされています。
表示されている生体高分子の回転や移動、拡大・縮小等の基本操作は、グラフィック画面下部のボタンの選択によって行える他、マウス操作でも行えます。配色や分子の表示形式等の変更は、グラフィック画面右側の「Structure View」から行えます。
「Electron Density Maps」「Ligand View」タブでは、それぞれ、電子マッピング、リガンドの表示と設定ができます。
詳細な操作内容は、以下のサイトを参照してください。
RCSB PDB 3D View User Guide： https://www.rcsb.org/pages/help/3dview
